Греческая церковь Стефана в Феодосии является памятником архитектуры XIV века и внешне напоминает армянскую церковь Георгия, расположенную неподалеку. Она также представляет собой прямоугольное в плане здание, перекрытое коробовым сводом на подпружных арках. Сложена церковь Стефана из обработанного бутового камня и снаружи не оштукатурена. Вход располагается на западе, а над ним устроена стрельчатая ниша. Кровля двускатная и покрыта черепицей.

Раньше стены храма внутри были сплошь украшены фресками, но до настоящего времени сохранились лишь их фрагменты. Часть из них содержит надписи на греческом языке, что позволило причислить церковь Стефана к греческим культовым сооружениям.

Реставрация памятника проводилась с 1955 года по 1956 год.

Рядом с греческой церковью Стефана находится фонтан (1491 год), устроенный как и армянский фонтан у церкви архангелов Гавриила и Михаила. На нем также сохранилась надпись на армянском языке.