Армянская церковь в Евпатории строилась в течение нескольких десятилетий с 1817 года. До этого здесь существовал армяно-григорианский храм Св. Никогайоса (Николая), но он был сожжен в 1736 году. Здание, сохранившееся до наших дней, является копией феодосийской армянской церкви в которой крестился, венчался и был отпет знаменитый художник-маринист Иван Айвазовский. Армянский храм имеет три входа (с запада, севера и юга), украшенные портиками с крестовыми сводами. Относится к культовым строениям базиликального типа и содержит полукруглую алтарную абсиду с восточной стороны.

В период Крымской войны Евпаторию занимали англо-франко-турецкие войска, о чем на стене армянской церкви сохранилось упоминание в виде надписи на французском языке: «1855 год, Шарль, Ришар, Филипп».

В советское время службы в храме были прекращены, а его здание использовалось для других целей.

Сейчас армянская церковь в Евпатории восстановлена и является одним из памятников культовой архитектуры начала XIX века.